Στις 19 Οκτωβρίου 1912, ημέρα Παρασκευή και ώρα 10 π.μ. ελληνικός στόλος με το θωρηκτό «Αβέρωφ» και αρχηγό τον ένδοξο Ναύαρχο Κουντουριώτη αγκυροβόλησαν στη Σαμοθράκη και απελευθέρωσαν το νησί από τον τουρκικό ζυγό.
Με απερίγραπτο ενθουσιασμό και ρίγη συγκίνησης υποδέχθηκαν οι Σαμοθρακίτες το πεζοναυτικό τάγμα του ελληνικού στρατού, το οποίο με επικεφαλής τον σημαιοφόρο Παναγιώτου, αφού συλλαμβάνει τις τουρκικές αρχές κατοχής, υψώνει την ελληνική σημαία.
Η συγκίνηση των νησιωτών κορυφώνεται, όταν η ελληνική σημαία υψώνεται στην εκκλησία της Κοιμήσεως της Θεοτόκου στη Χώρα και ακολουθεί πανηγυρική δοξολογία για την απελευθέρωση του νησιού.
Το νησί κατακτήθηκε οριστικά από τους Τούρκους το 1479 και παρέμεινε υπόδουλο μέχρι και το 1912.
Το 1821, εκτός από ημερομηνία σταθμό για την ελληνική ιστορία, αποτελεί και ημερομηνία ορόσημο για την ίδια τη Σαμοθράκη. Προεστοί του νησιού που έχουν μυηθεί στη Φιλική Εταιρεία ενημερώνουν τους κατοίκους για τον επικείμενο Μεγάλο Ξεσηκωμό του Έθνους.
Ως αποτέλεσμα, στις 19 Απριλίου οι Σαμοθρακίτες να επαναστατήσουν κατά της τουρκικής αρχής του νησιού, αρνούμενοι να καταβάλουν τους φόρους τους και να κηρύξουν τους εαυτούς τους ελεύθερους.
Η ελευθερία τους διήρκεσε μόνο τέσσερις μήνες. Την 1η Σεπτεμβρίου του 1821 Τούρκοι αποβιβάζονται στο νησί και ακολουθούν συμπλοκές με τους ντόπιους.
Γρήγορα, όμως, οι Τούρκοι, όντας περισσότεροι και πιο οπλισμένοι συλλαμβάνουν ή σκοτώνουν τους περισσότερους πολεμιστές. Οι κάτοικοι του νησιού καταφεύγουν στα βουνά, βλέποντας μάλιστα και τη Χώρα να παραδίδεται στις φλόγες. Δυστυχώς, όμως, μετά από δόλο οι κάτοικοι κατεβαίνουν από τα βουνά. Τότε κατασφάζεται το μεγαλύτερο μέρος των κατοίκων, περίπου 700 άντρες, κάτω από το κάστρο της Χώρας στη θέση Εφκάς.
Η 1η Σεπτεμβρίου είναι μια μέρα «Χαλασμού» για το νησί. Το Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης ενέπνευσε τον Γάλλο ζωγράφο Αύγουστο Βινζόν (Auguste Vinchon), ο οποίος ζωγράφισε τη σφαγή σ’ έναν πίνακα που βρίσκεται σήμερα στο μουσείο του Λούβρου.
